Wo die Arme der Pader jenseits der alten Stadtmauer zum eigentlichen Fluss zusammenkommen, erstrecken sich in der Aue die Paderwiesen. Der Boden war vor allem auf der flachen nördlichen Paderseite naturfeucht, sumpfig, oft überschwemmt und nur bedingt für Acker- und Gartenbau tauglich. Die nur halbherzige Pflege und Räumung des Flussbettes verstärkte das Problem.
Im Nordwesten nutzte man das Auengelände als Flöß- und Rieselwiesen. Die regelmäßige Bewässerung ließ Weideflächen entstehen, sorgte für Futtergras und förderte die Heuernte. Bis in die 1870er Jahre waren die Pächter und Eigentümer selbst für die Durchfeuchtung ihrer Ländereien verantwortlich. Dann investierten lokale Großgrundbesitzer in Schleusen, Stauwehre und Gräben.
Vom 1886 errichteten Schlachthaus verlief ein eigens angelegter Kanal zu den Rieselwiesen; das aas-, blut- und fäkalienreiche Wasser sorgte für deren Düngung, war aber aufgrund seines Gestanks ein ständiges Ärgernis vor allem für die allzu nahe Kuranstalt Inselbad. Erst in den 1960er Jahren sorgte der Einsatz von Kunstdüngern für ein Ende dieser Praxis.
Die Heinrichsflut setzte nach schweren Starkregen im Juli 1965 große Teile Ostwestfalens und über die Pader auch das unterhalb des Doms gelegene Paderborn unter Wasser. Um solche Katastrophen zukünftig zu vermeiden, wurde der Paderlauf nach den Maßgaben des „Wasserverbandes Obere Lippe“ (gegründet 1971) begradigt. Die Ufer wurden befestigt und erhöht; die Pader war nun Teil eines Regulierungssystems, das zusätzlich Rückhaltebecken und Kanalerweiterungen einschloss.
Erst Jahrzehnte später kehrte der Umweltaspekt zurück. Er ließ sich ergänzend in das Schutzkonzept integrieren. 2020 begann die Umsetzung des Projekts „Unteres Paderquellgebiet“. Es schließt an die Renaturierung und Neugestaltung des Geländes zwischen Reineke- und Stümpels Mühle an, wird die Paderaue zwischen Heierswall und Fürstenweg erschließen, auch den Wald im nördlichen Bereich der Aue erfassen und in der Gesamtheit aller Veränderungen den „Paderauenpark“ bilden.
Die Paderwiese zwischen dem Ostufer und dem (teilweise verlegten) Franz-Schwarzendahl-Weg wird als Spiel- und Liegewiese vergrößert, während das Westufer entlang des Malta-Wegs - wo das Johannisstift einen „Mehrgenerationenpark“ plant - eher naturbelassen bleiben soll. Wie schon im Mittleren Paderquellgebiet werden die Ufer abgeflacht, um den wassernahen Lebensraum für Tiere und Pflanzen zu erweitern.
