Im Dezember 1612 kamen Kapuzinermönche nach Paderborn, um (zusammen mit den Jesuiten) die katholische Erneuerung der Kirche zu unterstützen. Ihr Gönner Domdechant Arnold von der Horst erwarb ein Grundstück am Stadelhof und ließ 1613 ein Kloster und eine Kirche errichten, die schon 1617 nach einem Feuer neu gebaut werden mussten. 1670 war die Anlage baufällig und wurde 1674/75 neu gebaut. Dombaumeister Ambrosius von Oelde (ein Kapuziner) plante eine neue Kirche. Am 4. Juni 1683 St. Franziskus Seraph geweiht, eine bautypisch barocke Kapuzinerkirche mit vierjochigem Saal, eingezogenem Chor, anschließendem Oratorium und Totenkeller.
Das Kloster diente den Kapuzinern bis 1834 als Wohnstätte, nachdem man es im Zuge der Säkularisation 1811 aufgehoben hatte. Lange diente das Haus anschließend als Knabenseminar der (Erz-) Diözese Paderborn (1846-1979).
Die Kirche ist äußerlich schlicht, wird aber durch einen terrassenförmigen Vorplatz betont. Innen war die Kirche für einen Bettelorden ungewöhnlich prächtig: Fürstbischof und Stifter Ferdinand wünschte und finanzierte eine repräsentative Ausstattung. 1900 wurde die Kirche vom Kirchenmaler Wilhelm Mengelberg (1871-1951) gestaltet, 1904/05 die Anlage nach Norden und Osten durch neue Flügel erweitert.
Der Totenkeller, in dem zwischen 1687 und 1809 76 Mönche bestattet wurden, diente im II. Weltkrieg als Luftschutzkeller. Durch alliierte Luftangriffe wurden Kapuzinerkirche und -kloster zwischen Januar und Ende März 1945 bis auf die Mauern zerstört, die Inneneinrichtung vernichtet.
Die Kirche wurde ab August 1950 wieder aufgebaut, der Innenraum dem Barockstil angeglichen. Die Fenster entwarf der Essener Glasmaler Nikolaus Bette. Am 20. Januar 1952 weihte Lorenz Kardinal Jäger (Erzbischof 1941-1975) die Kapuzinerkirche neu. Die Kapuzinerkirche ist Hauskirche des Liborianums.
Seit 1979 ist im Kloster das Collegium Liborianum, eines der fünf Bildungs- und Gästehäuser des Erzbistums Paderborn, untergebracht. Angeboten wird eine breite Palette religiöser, theologischer, sozialer und politischer Seminare. Darüber hinaus finden im Liborianum Mitarbeiterfortbildungen, Tagungen und Konferenzen sowie Kunstausstellungen und Musikveranstaltungen statt.
Das Liborianum wurde 1989/90 modernisiert. 2001-2003 erfolgte eine Außensanierung; das Dach wurde neu gedeckt. Ein zusätzlicher Eingangsbereich mit Zugang zum Kapuzinerkeller entstand 2011. 2015 wurden der Treppenaufgang, der obere Bereich vor dem Kirchenportal und der Eingang des Liborianums saniert, um Feuchtigkeitsschäden zu beheben.
