Hinter der Mauer, die den Garten des Michaelsklosters einschließt, ist die Alexiuskapelle sichtbar. Heinrich Keller, Abt des Abdinghofklosters, ließ den ursprünglich achteckigen Bau zwischen 1670 und 1673 nach niederländischen Vorbildern aus Backsteinen errichten, nachdem der Stadtbrand von 1058 eine erste, durch Bischof Meinwerk 1017/18 geweihte Alexiuskapelle zerstört hatte.
In der Kapelle wurden Priester geweiht und Firmungen gefeiert. Außerdem diente sie den Abdinghofer Äbten als Grablege. Zwischen 1680 und 1692 erhielt der Bau ein barockes Haubendach, das von einer turmartigen „Laterne“ gekrönt wurde. 1729 erweiterte man den Zentralbau erheblich nach Westen, wodurch er seine ursprüngliche Symmetrie einbüßte.
Nach der Säkularisation (1803) fiel die Kapelle an den preußischen Staat, der sie 1808 der evangelischen Gemeinde Paderborn als Pfarrkirche (bis 1817) übergab. 1863 erwarben die Augustinerchorfrauen des Klosters St. Michael die Kapelle, die noch immer in ihrem Besitz ist.
Die Alexiuskapelle brannte im März 1945 aus. Unter der Leitung des Architekten und Historikers Paul Michels (1881-1970) begann 1955 die Wiedererrichtung. Sie konnte erst 1966 abgeschlossen werden und musste sich auf die Bausubstanz beschränken, da bis auf drei Statuen das ursprüngliche Inventar verloren oder vernichtet war.
Ab 1998 bot die Alexius-Kapelle der russisch-orthodoxe „Gemeinde zu Ehren der hl. Dreieinigkeit und der wundertätigen Gottesmutter-Ikone ‚Feodorovskaya‘“ eine Heimat. Nach deren Auszug wird die Kapelle für Gottesdienste der zwischen 2018 und 2020 auf dem Gelände des Klosters entstandenen Grundschule St. Michael genutzt. Den modernen Bau (Architekt: Franz Hausmann) ergänzt eine neue Turnhalle, der Vorgängerbau wurde abgerissen und durch ein Musikforum ersetzt. Das Dach der Turnhalle ist begrünt und begehbar; es dient als Erweiterung des Pausenhofs.
